◎創始於民國40年02月28日成立，同年03月01日開始辦理衛生行政業務，並同時開辦門診業務，暫借新市村135號民房充為衛生所。
◎民國43年建舊有辦公廳供衛生所使用。
◎民國51年以前隸屬新市鄉公所。
◎民國51年後改屬台南縣衛生局迄今。
◎民國72年由衛生處補助經費貳佰萬元配合鄉公所興建現有辦公室；面積一百一十坪，分上下兩層樓；與鄉公所同一棟，現址新市區中興街 12號。
◎民國75年開辦群體醫療門診業務。
◎民國75年11月分別於豐華村＆潭頂村，成立豐華基層保健中心與潭頂基層保健中心，為偏遠地區鄉民服務。
◎民國91年10月20日於衛生所成立健康關懷資源中心，永就村活動中心成立永就關懷中心。
◎民國92年03月29日新和村清保宮成立新和村關懷中心成立，為鄉民服務。
◎ 民國99年12月25日縣市合併機關全銜更名為臺南市新市區衛生所。
◎民國106年5月22日起至109年5月31日止由潭頂社區發展協會認養潭頂衛生室
◎民國106年5月22日起至109年5月31日止由豐華里新昌宮認養豐華衛生室